Sau ngày Toàn quốc Kháng chiến, Chủ tịch Chính phủ Hồ Chí Minh đã ký Sắc lệnh số 05 ngày 31/12/1946 đặt ra Ủy ban Trung ương Tản cư và Di cư cùng với các Ủy ban Tản cư và Di cư cấp tỉnh, phủ, huyện, làng.[6] Ngày 22/1/1947 thành lập Ủy ban Trung ương Tản cư và Di cư gồm:[7]

• Bùi Bằng Đoàn, Chủ tịch
• Nguyễn Văn Tố, Phó Chủ tịch
• Phan Anh, Thư ký
• Nguyễn Xiển, Đại diện Bộ Nội vụ
• Lê Trần Đức, Kinh tế
• Hoàng Văn Đức, Canh nông
• Nguyễn Viên Hải, Y tế
• Trần Văn Phú, Tài chính
• Đào Duy Kỳ, Quốc gia Giáo dục
• Dương Đức Hiệp, Lao động
• Hoàng Đắc Thủy, Quốc phòng

Trong thời gian kháng chiến, bộ máy hành chính các cấp có nhiều biến đổi. Tổ chức đơn vị hành chính Khu và Liên khu. Thành lập các Ủy ban kháng chiến các cấp. Cấp Trung ương, thành lập Bộ Tổng Chỉ huy Quân đội quốc gia (1947), sau đổi là Bộ Tổng Tư lệnh (1948) rồi Bộ Quốc phòng Tổng Tư lệnh. Các cơ quan tư pháp cơ bản tổ chức theo cấp xét xử.[cần dẫn nguồn]

Ban đầu, Việt Nam Dân chủ Cộng hòa là chính thể của nước Việt Nam thống nhất, nhưng thực tế sau năm 1954 thì chỉ quản lý từ Vĩnh Linh trở ra. Sau năm 1954 nhà nước bắt đầu đặt ra các mục tiêu cải tạo xã hội chủ nghĩa.[cần dẫn nguồn]

Ngày 1 tháng 6 năm 1948 thành lập Ban Vận động Thi đua Ái quốc Trung ương, gồm:[8]

• Phan Anh
• Nguyễn Văn Tạo
• Nghiêm Xuân Yêm
• Bồ Xuân Luật
• Nguyễn Xiển
• Tôn Đức Thắng
• Dương Đức Hiền
• Hoàng Quốc Việt
• Đỗ Đức Dục

Ngày 18-6-1949, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã ra Sắc lệnh số 72/SL lập ra Hội đồng tu luật gồm có đại biểu Chính phủ, đại biểu đoàn thể nhân dân và đại diện Ban Thường trực Quốc hội do Bộ Tư pháp chủ trì. Từ năm 1950, Hội đồng tu luật đặt dưới sự chỉ đạo của Ban Thường trực Quốc hội.

Ban Thường trực Quốc hội và Chính phủ đã duy trì mối quan hệ trực tiếp với nhân dân và chính quyền các cấp ở địa phương. Tháng 9-1949, Ban Thường trực Quốc hội và Hội đồng Chính phủ đã tiếp và làm việc với đoàn đại biểu Ủy ban kháng chiến hành chính Nam Trung Bộ do Lê Đình Thám dẫn đầu ra báo cáo với Trung ương về tình hình kháng chiến ở địa phương.

Đầu tháng 10-1949, Ban Thường trực Quốc hội và Hội đồng Chính phủ làm việc với Đoàn đại biểu Nam Bộ, gồm các Ủy viên kháng chiến hành chính, các Ủy viên quân sự và đại biểu các đoàn thể quần chúng do Phạm Hùng dẫn đầu ra báo cáo với Chính phủ về tình hình kháng chiến của nhân dân Nam Bộ - "Thành đồng Tổ quốc".

Năm 1951, một phái đoàn của Chính phủ do Bộ trưởng Hoàng Minh Giám làm Trưởng đoàn và Trần Huy Liệu đại diện Ban Thường trực Quốc hội đã đi Liên khu Việt Bắc và một phái đoàn do Bộ trưởng Nguyễn Văn Huyên dẫn đầu cùng với Bộ trưởng Bồ Xuân Luật và Tôn Quang Phiệt, đại diện Ban Thường trực Quốc hội, đi Liên khu III và Liên khu IV để giải thích các chính sách của Chính phủ, đặc biệt là chính sách thuế nông nghiệp theo Sắc lệnh số 13/SL ngày 1-5-1951.